公有成员 | 保护成员 | 保护属性

CSpectrumRBFKernel类参考


详细描述

在文件SpectrumRBFKernel.h29行定义。

继承图,类CSpectrumRBFKernel
Inheritance graph
[图例]

所有成员的列表。

公有成员

 CSpectrumRBFKernel (int32_t size, float64_t *AA_matrix, int32_t degree, float64_t width)
 CSpectrumRBFKernel (CStringFeatures< char > *l, CStringFeatures< char > *r, int32_t size, float64_t *AA_matrix, int32_t degree, float64_t width)
virtual ~CSpectrumRBFKernel ()
virtual bool init (CFeatures *l, CFeatures *r)
virtual void cleanup ()
int32_t get_degree () const
virtual EKernelType get_kernel_type ()
virtual const char * get_name () const
bool set_degree (int32_t deg)
int32_t get_degree ()
bool set_AA_matrix (float64_t *AA_matrix_)

保护成员

float64_t AA_helper (const char *path, const int degree, const char *joint_seq, unsigned int index)
void read_profiles_and_sequences ()
float64_t compute (int32_t idx_a, int32_t idx_b)
virtual void remove_lhs ()

保护属性

CAlphabetalphabet
int32_t degree
float64_tAA_matrix
float64_t width
std::vector< std::vector
< float64_t > > 
profiles
std::vector< std::string > sequence_labels
T_STRING< char > * sequences
CStringFeatures< char > * string_features
int32_t nof_sequences
int32_t max_sequence_length
bool initialized
int32_t max_mismatch
CArray2< float64_tkernel_matrix
int target_letter_0

构造及析构函数文档

CSpectrumRBFKernel ( int32_t  size,
float64_t AA_matrix,
int32_t  degree,
float64_t  width 
)

constructor

参数:
@param degree degree

在文件SpectrumRBFKernel.cpp39行定义。

CSpectrumRBFKernel ( CStringFeatures< char > *  l,
CStringFeatures< char > *  r,
int32_t  size,
float64_t AA_matrix,
int32_t  degree,
float64_t  width 
)

constructor

参数:
l features of left-hand side
r features of right-hand side
degree degree

在文件SpectrumRBFKernel.cpp59行定义。

~CSpectrumRBFKernel (  )  [virtual]

在文件SpectrumRBFKernel.cpp71行定义。


成员函数文档

float64_t AA_helper ( const char *  path,
const int  degree,
const char *  joint_seq,
unsigned int  index 
) [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.cpp323行定义。

void cleanup (  )  [virtual]

clean up kernel

重载CKernel

在文件SpectrumRBFKernel.cpp307行定义。

float64_t compute ( int32_t  idx_a,
int32_t  idx_b 
) [protected, virtual]

compute kernel function for features a and b idx_{a,b} denote the index of the feature vectors in the corresponding feature object

参数:
idx_a index a
idx_b index b
返回:
computed kernel function at indices a,b

实现了CKernel

在文件SpectrumRBFKernel.cpp345行定义。

int32_t get_degree (  )  const

get degree

返回:
degree of the kernel

在文件SpectrumRBFKernel.h66行定义。

int32_t get_degree (  ) 

get degree

返回:
degree

在文件SpectrumRBFKernel.h94行定义。

virtual EKernelType get_kernel_type (  )  [virtual]

return what type of kernel we are

返回:
kernel type

实现了CKernel

在文件SpectrumRBFKernel.h75行定义。

virtual const char* get_name (  )  const [virtual]

return the kernel's name

返回:
name

实现了CSGObject

在文件SpectrumRBFKernel.h81行定义。

bool init ( CFeatures l,
CFeatures r 
) [virtual]

initialize kernel

参数:
l features of left-hand side
r features of right-hand side
返回:
if initializing was successful

重载CStringKernel< char >

在文件SpectrumRBFKernel.cpp272行定义。

void read_profiles_and_sequences (  )  [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.cpp84行定义。

void remove_lhs (  )  [protected, virtual]

remove lhs from kernel

重载CKernel

在文件SpectrumRBFKernel.cpp78行定义。

bool set_AA_matrix ( float64_t AA_matrix_  ) 

在文件SpectrumRBFKernel.cpp368行定义。

bool set_degree ( int32_t  deg  ) 

set degree

参数:
deg new degree
返回:
if setting was successful

在文件SpectrumRBFKernel.h88行定义。


成员数据文档

float64_t* AA_matrix [protected]

maximum mismatch 128x128 scalar product matrix

在文件SpectrumRBFKernel.h127行定义。

CAlphabet* alphabet [protected]

alphabet of features

在文件SpectrumRBFKernel.h122行定义。

int32_t degree [protected]

degree

在文件SpectrumRBFKernel.h124行定义。

bool initialized [protected]

if kernel is initialized

在文件SpectrumRBFKernel.h142行定义。

this *COULD* store the whole kernel matrix usually not applicable / necessary to compute the whole matrix

重载CKernel

在文件SpectrumRBFKernel.h146行定义。

int32_t max_mismatch [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h144行定义。

int32_t max_sequence_length [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h139行定义。

int32_t nof_sequences [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h138行定义。

std::vector< std::vector<float64_t> > profiles [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h134行定义。

std::vector<std::string> sequence_labels [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h135行定义。

T_STRING<char>* sequences [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h136行定义。

CStringFeatures<char>* string_features [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h137行定义。

int target_letter_0 [protected]

在文件SpectrumRBFKernel.h147行定义。

float64_t width [protected]

width of Gaussian

在文件SpectrumRBFKernel.h129行定义。


该类的文档由以下文件生成:

SHOGUN Machine Learning Toolbox - Documentation