公有成员 | 保护属性

CIntronList类参考


详细描述

class IntronList

在文件IntronList.h20行定义。

继承图,类CIntronList
Inheritance graph
[图例]

所有成员的列表。

公有成员

 CIntronList ()
virtual ~CIntronList ()
void init_list (int32_t *all_pos, int32_t len)
void read_introns (int32_t *start_pos, int32_t *end_pos, int32_t *quality, int32_t len)
void get_intron_support (int32_t *values, int32_t from_pos, int32_t to_pos)
virtual const char * get_name () const

保护属性

int32_t m_length
int32_t * m_all_pos
int32_t ** m_intron_list
int32_t ** m_quality_list

构造及析构函数文档

CIntronList (  ) 

constructor

在文件IntronList.cpp12行定义。

~CIntronList (  )  [virtual]

在文件IntronList.cpp20行定义。


成员函数文档

void get_intron_support ( int32_t *  values,
int32_t  from_pos,
int32_t  to_pos 
)

get coverage and quality score

参数:
values values[0]: coverage of that intron; values[1]: associated quality score
from_pos start position of intron
to_pos end position of intron

from_pos and to_pos are indices in the all_pos list not positions in the DNA sequence

在文件IntronList.cpp107行定义。

virtual const char* get_name (  )  const [virtual]
返回:
object name

实现了CSGObject

在文件IntronList.h57行定义。

void init_list ( int32_t *  all_pos,
int32_t  len 
)

initialize all arrays with the number of candidate positions

参数:
all_pos list of candidate positions
len number of candidate positions

在文件IntronList.cpp31行定义。

void read_introns ( int32_t *  start_pos,
int32_t *  end_pos,
int32_t *  quality,
int32_t  len 
)

read introns

参数:
start_pos array of start positions
end_pos array of end positions
quality quality scores for introns in list
len number of items in all three previous arguments

在文件IntronList.cpp56行定义。


成员数据文档

int32_t* m_all_pos [protected]

index of positions in the DNA sequence

在文件IntronList.h63行定义。

int32_t** m_intron_list [protected]

data structure storing the introns; for all posible end positions there is a list of start positions stored

在文件IntronList.h69行定义。

int32_t m_length [protected]

number of positions

在文件IntronList.h60行定义。

int32_t** m_quality_list [protected]

data structure storing the intron quality scores; the shape is exactly the same as for the introns

在文件IntronList.h74行定义。


该类的文档由以下文件生成:

SHOGUN Machine Learning Toolbox - Documentation