쿠분투에 설치할 수 있는 수천 가지 프로그램들이 존재합니다. 이 프로그램들은 소프트웨어 보관소(저장소)에 저장되어 있으며 인터넷을 통해 설치할 수 있습니다. 이 기능으로 인해 쿠분투에 새로운 프로그램을 설치하는 일이 매우 간편해졌으며, 또한 매우 안전해졌습니다. 왜냐하면 각각의 프로그램들은 쿠분투를 위해 특별히 빌드되었으며, 설치전에 테스트를 거친 것이기 때문입니다. 소프트웨어를 관리하기 위해 쿠분투의 저장소들은 4 그룹으로 분류됩니다:
Main
Restricted
Universe
Multiverse
Commercial
어떤 소프트웨어가 어떤 분류에 해당하는지 구분하는 기준은 두 가지가 있습니다.
하나는 소프트웨어의 개발팀이 그 프로그램의 지원에 얼마나 신경쓰는 지에 대한 것입니다.
또한 그 프로그램이 자유소프트웨어의 철학에 얼마나 입각하고 있는지를 따집니다.
저장소에 대한 더욱 자세한 정보는 우분투 웹사이트에서 찾아볼 수 있습니다.
표준 쿠분투 설치 CD에는 Main과 Restricted 저장소에 있는 소프트웨어가 일부 있습니다. 시스템이 일단 인테넷에 연결되어 각 저장소에 접근할 수 있게 되면 다른 프로그램도 설치할 수 있게 됩니다. 기본적으로 설치된 소프트웨어 패키지 관리자 도구를 이용하여 CD 없이 인터넷으로 소프트웨어를 검색하고 설치하고 업데이트할 수 있습니다.